H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015. Search by Keyword H-Inv ID (HIT) H-Inv cluster ID (HIX) H-Inv protein ID (HIP) H-Inv gene family/group (HIF) Accession number Chromosome number Chromosome band Definition* Data source ID --- CCDS ID dbSNP ID (rs number) EC number Ensembl ID EntrezGene ID FR ID FR Accession number GO ID GO name* HGNC gene symbol HGNC gene name* InterPro ID InterPro name* OMIM ID OMIM title* Pathway ID Pathway name* RefSeq (gene) ID RefSeq (protein) ID SCOP ID UniProt for Advanced Search

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過去のリリース

H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
	H-Invitational IDリスト

acc2hinv_id.txt	2.7M	Text File
ファイル形式 1: DNA databank accession numbers, 2: HIT : H-Invitational transcript, 3: HIX : H-Invitational clusters, 4: cDNA data provider

新規追加・抹消された H-Invitational IDリスト

new_del_update_hinvid.txt

720K

Text File

アノテーションデータセット

H-InvDB-HIX_9.0    2015. 6
全HIXデータセット（フラットファイル形式）	43M	Flat File
全HIXデータセット（XML形式）	56M	XML File
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座のアノテーションデータをフラットファイルおよびXML形式で提供しています。
H-InvDB-HIT_9.0    2015. 6
全HITデータセット（フラットファイル形式）	614M	Flat File
全HITデータセット1（XML形式）	197M	XML File
全HITデータセット2（XML形式）	189M	XML File
全HITデータセット3（XML形式）	180M	XML File
全HITデータセット4（XML形式）	105M	XML File
全HITデータセット5（XML形式）	59M	XML File
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT）のアノテーションデータをフラットファイルおよびXML形式で提供しています。
H-InvDB-HIP_9.0    2015. 6
全HIPデータセット（フラットファイル形式）	413M	Flat File
全HIPデータセット1（XML形式）	165M	XML File
全HIPデータセット2（XML形式）	158M	XML File
全HIPデータセット3（XML形式）	116M	XML File
全HIPデータセット4 (XML形式）		XML File
NOTES: 全H-InvDBタンパク質(HIP）のアノテーションデータをフラットファイルおよびXML形式で提供しています。

アノテーションセクションデータ

H-InvDB-HIX-Annotation_9.0    2015. 6
全HIXデータセット（フラットファイル形式）	35M	Flat File
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座のHIX-Annotationセクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。
H-InvDB-HIT-Annotation_9.0    2015. 6
全HITデータセット（フラットファイル形式）	436M	Flat File
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT）のHIT-Annotationセクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。
H-InvDB-Expression_8.1
全HIXデータセット（フラットファイル形式）	7.9M	Flat File
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座の遺伝子発現セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。
H-InvDB-DiseaseInfo_8.0
全HIXデータセット（フラットファイル形式）	7.5M	Flat File
NOTES: 全H-InvDB遺伝子座の疾患情報セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。
H-InvDB-Evolution_7.1
全HITデータセット（フラットファイル形式）	24M	Flat File
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT）の分子進化セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。
H-InvDB-3Dstructure_8.0
全HITデータセット（フラットファイル形式）	29M	Flat File
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT）のGTOP (http://sybock.genes.nig.ac.jp/~hinv3/gtop.html)に立体構造セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。
H-InvDB-Subcellular_9.0    2015. 6
全HITデータセット（フラットファイル形式）	18M	Flat File
NOTES: 全H-InvDBトランスクリプト(HIT）のWoLF PSORT, TargetP, TMHMM and SOSUIによって予測された細胞内局在セクションのアノテーションデータをフラットファイル形式で提供しています。

配列データセット

塩基配列データセット 2015. 6
H-InvDB全転写産物（HIT）の塩基配列	124M	Flat File
H-InvDB代表配列（HIT）の塩基配列	31M	Flat File
H-InvDB代表スプライシングバリアント(RASV)（HIT）の塩基配列	46M	Flat File
H-Inv2完全長cDNA（HIT）の塩基配列	47M	Flat File
H-InvDB全遺伝子座（HIX）のゲノム塩基配列	644M	Flat File
NOTES: 1) H-InvDB全転写産物（HIT）の塩基配列データセット（FASTA形式） 2) H-InvDB代表配列（HIT）の塩基配列データセット（FASTA形式） 3) H-InvDB代表スプライシングバリアント(RASV)の塩基配列データセット（FASTA形式） 4) H-Inv2完全長cDNAの塩基配列データセット（FASTA形式） 5) H-InvDB全遺伝子座（HIX）ゲノム配列の塩基配列データセット（FASTA形式） ファイル形式 Headline> HIT version | HIX version | HIP version | DNA databank accession number | "FS": frame shift error if revised or "NO" for no revision | "IM": remaining intronic sequence if revised or "NO" for no revision | "HC": function if human curated or "AA" for auto-annotated| Frame (+3 to -3) | Position of CDS (start..end) | Definition Body: cDNA sequences
アミノ酸配列データセット 2015. 6
H-InvDB全転写産物（HIT）のアミノ酸配列	47M	Flat File
H-InvDB代表配列（HIT）のアミノ酸配列	9.7M	Flat File
H-InvDB代表スプライシングバリアント(RASV)（HIT）のアミノ酸配列	18M	Flat File
H-Inv2完全長cDNAデータセット（HIT）のアミノ酸配列	14M	Flat File
H-InvDB全タンパク質（HIP)のアミノ酸配列	37M	Flat File
NOTES: 1) H-InvDB全転写産物（HIT）のアミノ酸配列データセット（FASTA形式） 2) H-InvDB代表配列（HIT）のアミノ酸配列データセット（FASTA形式） 3) H-InvDB代表スプライシングバリアント（HIT）のアミノ酸配列データセット（FASTA形式） 4) H-Inv2完全長cDNAデータセット（HIT）のアミノ酸配列データセット（FASTA形式） 5) H-InvDB全タンパク質（HIP)のアミノ酸配列データセット（FASTA形式） ファイル形式 Headline> HIT version | HIX version | HIP version | DNA databank accession number | "FS": frame shift error if revised or "NO" for no revision | "IM": remaining intronic sequence if revised or "NO" for no revision | "HC": function if human curated or "AA" for auto-annotated| Frame (+3 to -3) | Position of CDS (start..end) | Definition Body: translation

配列解析データセット   New! (revised)

マルチプルアラインメントデータセット 2015. 5
マルチプルアラインメント	347M	Flat File
NOTES: "FMULTI" ：全H-Invトランスクリプト（HIT）塩基配列とゲノム配列の同一クラスター（HIX）内マルチプルアラインメント
マッピング位置情報データセット 2015. 6
全エキソンゲノム位置データセット	124M	Flat File
NOTES: "FMULTIP"; FMULTIP.tar.gz (mALNp/.tbl) 全H-Invトランスクリプト（HIT）のエキソンのヒトゲノム上の位置データ ファイル形式: 01:HIT (or acc), 02:HIX (or temporally cluster-id), 03:key (=acc_chr_sno), 04:seq1 ("genome"), 05:seq2 (cDNA_acc), 06:strand, 07:exon_no, 08:type[N:not aligned part of seq1(genome); U:unmapped part of seq2(cDNA); A:alignment, D:deletion, I:insertion; G:gap due to other member)], 09:start_seq1 (genome), 10:end_seq1 (genome), 11:start_seq2 (cDNA), 12:end_seq2 (cDNA) (or gap_length if 08:type='G')
H-InvDB代表配列（HIT）のエキソンおよびCDS/UTRゲノム位置データセット(GFF3形式)	7.6M	GFF3 File
H-InvDB全転写産物（HIT）のエキソンおよびCDS/UTRゲノム位置データセット(GFF3形式)	25M	GFF3 File
NOTES: "h-inv_pub_rep.gff3.gz","h-inv_pub.gff3.gz"; エキソンとCDS/UTRのヒトゲノム上の位置データ(GFF3 format) Format:01: "seqid (HIT)", 02: "source", 03: "type", 04: "start", 05: "end", 06: "score", 07: "strand", 08: "phase", 09: "attributes" Attributes (exon):ID=HIX, Name=HIT, Note=HUGO gene symbol Attributes (CDS):ID=HIT, Parent=HIX, Name=HIT, Alias=definition, Note=HUGO gene symbol, accession Attributes (UTR):Parent=HIT, Name=HIT GFF3 format:http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml
H-ANGELマトリックスデータセット
H-ANGEL遺伝子発現マトリックスデータ	25M	Flat File
"H-ANGEL_matrix.txt.gz"： H-ANGEL遺伝子発現マトリックスデータ ファイル形式: 1: Type of platform, 2: experimental ID added by each provider, 3: primer/probe ID. e.g. GeneChip Identifier, 4: 10 categories collapsed by the avarage of 40 categories, 5: 10 categories collapsed by the maximum value of 40 categories, 6: 40 categories, 7: Acc corresponding to the primer/probe, 8: start site of the primer/probe on the genome, 9: end site of the primer/probe on the genome, 10: Absolute value of the expression data for EST and SAGE only, NaN otherwise, 11: HIX, 12: UniGene ID, 13: start site of HIX on the genome, 14: end site of HIX on the genome, 15: strand of the locus, 16: Acc(s) included within HIX.
分子進化アノテーションデータ(Evola)
オルソログリスト		Flat File
"Evola.txt.gz"： Evolaのヒト-他生物オルソログペアのアクセッション番号リスト
Inter-species multi-FASTA (Transcript)
オルソログ配列（塩基配列）		Flat File
NOTES: "NFAS.tar.gz"：ヒトと他生物のオルソログの転写産物の塩基配列を、ヒト配列ごとにマルチファスタファイルとしてまとめたもの。
Inter-species multi-FASTA (Protein)
オルソログ配列（アミノ酸配列）		Flat File
NOTES: "PFAS.tar.gz"：ヒトと他生物のオルソログのタンパク質のアミノ酸配列を、ヒト配列ごとにマルチファスタファイルとしてまとめたもの。
Phylogenetic trees
重複遺伝子ファミリー系統樹		Flat File
NOTES: "NJ.tar.gz"：Neighbor-joining (NJ)法による、重複遺伝子ファミリーアミノ酸配列の系統樹ファイル(phb)
Human protein complex database with quality index (PCDq), data set New! 2015. 11
Protein complex list, their subunits (members), and related annotation.	1.5M	TSV Files (tar.gz file)
NOTES: "complexList.tsv" provides complex ID, name, etc.   "subunitMembers.tsv" provides subunits (members) of each complex and related annotations.   "public_ppi.tsv" provides PPI data used for complex prediction. File format is described in README file included in download package.
H-Invアノテーションデータセットのうち、実験的エビデンスのあるサブセット   2015. 7
実験的エビデンスのあるH-Inv遺伝子座(HIX) のサブセット (フラットファイル形式)	25M	Flat File
実験的エビデンスのあるH-Inv遺伝子座(HIX) のサブセット (XML形式)	33M	XML
実験的エビデンスのあるH-Inv転写産物(HIT)のサブセット (フラットファイル形式)	146M	Flat File
実験的エビデンスのあるH-Inv転写産物(HIT)のサブセット (XML形式)	178M	XML
実験的エビデンスのあるH-Invタンパク質(HIP)のサブセット (フラットファイル形式)	57M	Flat File
実験的エビデンスのあるH-Invタンパク質(HIP)のサブセット (XML形式)	61M	XML
NOTES: H-InvDBの遺伝子座(HIX)・転写産物(HIT)・タンパク質(HIP)のうち、網羅的プロテオーム実験による裏付けのあるサブセット。C-HPPにおいて発現量が"protein level"または"transcript level"と分類されたもの。
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物のデータセット   2015. 5
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物クラスタのデータセット (フラットファイル形式)	2.7M	Flat File
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物クラスタのデータセット (XML形式)	3.0M	XML
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物のデータセット (フラットファイル形式)	14M	Flat File
ヒトゲノムにマップされなかった転写産物のデータセット (XML形式)	15M	XML
NOTES: ヒトゲノムにマッピングされなかった転写産物(HIT)と、そのクラスタ(HIX)の情報。